La dysbiose intestinale est aujourd’hui un concept central dans la compréhension des troubles digestifs fonctionnels, mais aussi de nombreuses pathologies métaboliques, immunitaires et inflammatoires. Longtemps cantonnée à une vision empirique, elle fait désormais l’objet de nombreuses publications scientifiques, notamment grâce aux avancées en métagénomique.
Cet article propose une synthèse scientifiquement étayée : définition, principaux types de dysbiose, distinction intestin grêle / côlon, focus sur le SIBO et la candidose, et comparaison des approches allopathiques et micronutritionnelles / phytothérapeutiques.
Qu’est‑ce que la dysbiose intestinale ?
Sur le plan scientifique, la dysbiose intestinale correspond à une altération de la composition, de la diversité et/ou de la fonction du microbiote intestinal, associée à des effets délétères pour l’hôte.
Les travaux fondateurs de Larsen et al. (2010) et de Qin et al. (Nature, 2010) ont montré que la dysbiose ne se limite pas à une variation quantitative des bactéries, mais implique également des modifications fonctionnelles (métabolites produits, interaction avec le système immunitaire, perméabilité intestinale).
Selon Tilg, Zmora et al. (Nature Reviews Immunology, 2020), la dysbiose est caractérisée par au moins un des éléments suivants :
- perte de diversité microbienne,
- diminution des bactéries commensales bénéfiques,
- prolifération d’espèces pathobiontes,
- altération des fonctions métaboliques du microbiote.
Dysbiose de l’intestin grêle vs dysbiose colique
Dysbiose de l’intestin grêle
L’intestin grêle est physiologiquement pauvre en bactéries. Toute augmentation anormale de la charge microbienne y est susceptible d’altérer :
- la digestion,
- l’absorption des micronutriments,
- l’intégrité de la muqueuse intestinale.
Le SIBO est la forme la plus étudiée de dysbiose du grêle. Selon Pimentel et al. (American Journal of Gastroenterology, 2020), il est fréquemment associé au syndrome de l’intestin irritable, aux troubles de la motricité intestinale et aux déficits enzymatiques.
Le SIBO est abordé brièvement ici, un article dédié étant déjà disponible sur mon blog.
Dysbiose colique
Le côlon héberge la majorité du microbiote intestinal. La dysbiose colique concerne surtout :
- des déséquilibres de populations bactériennes,
- une production anormale de métabolites (gaz, acides, composés toxiques),
- une altération du dialogue immunitaire local.
Les travaux de Marchesi et al. (Gut, 2016) soulignent que les dysbioses coliques sont impliquées dans les troubles fonctionnels digestifs, mais aussi dans les maladies inflammatoires, métaboliques et neuro‑psychiques via l’axe intestin‑cerveau.
Les principaux types de dysbiose
1. Dysbiose de fermentation
Elle résulte d’une fermentation excessive des glucides par certaines populations bactériennes.
🔬 Données scientifiques :
- Une production excessive d’hydrogène et de méthane a été associée à des troubles du transit et à des douleurs abdominales (Rezaie et al., Gut, 2017).
- Une augmentation de bactéries fermentaires peut être observée chez les patients présentant un régime riche en sucres fermentescibles.
Clinique fréquente : ballonnements rapides post‑prandiaux, distension abdominale, diarrhées ou constipation.
2. Dysbiose de putréfaction
Elle correspond à une dégradation excessive des protéines par des bactéries protéolytiques, avec production de composés tels que :
- ammoniac,
- indoles,
- phénols,
- sulfure d’hydrogène.
🔬 Études clés :
- Windey et al. (Gut, 2012) ont montré que les métabolites issus de la fermentation protéique peuvent altérer la muqueuse intestinale et favoriser l’inflammation.
- Davila et al. (American Journal of Clinical Nutrition, 2013) ont mis en évidence un lien entre excès protéique, dysbiose putréfactive et risque inflammatoire colique.
Clinique évocatrice : flatulences très odorantes, douleurs coliques distales, selles foncées et malodorantes.
3. Dysbiose fongique : la candidose intestinale
Le genre Candida, notamment Candida albicans, fait partie du microbiote intestinal normal. La candidose correspond à une prolifération excessive, favorisée par :
- antibiothérapies répétées,
- régimes riches en sucres raffinés,
- immunité affaiblie.
🔬 Données scientifiques :
- Iliev et al. (Science, 2012) ont démontré le rôle immunomodulateur des champignons intestinaux.
- Chiaro et al. (Cell Host & Microbe, 2017) ont montré que la prolifération de Candida pouvait exacerber l’inflammation intestinale.
La symptomatologie reste non spécifique mais peut inclure ballonnements, inconfort digestif, fatigue chronique et manifestations extra‑digestives.
SIBO : une dysbiose spécifique du grêle (rappel bref)
Le Small Intestinal Bacterial Overgrowth est défini par une augmentation anormale de bactéries dans l’intestin grêle.
🔬 Selon Ghoshal et al. (Gut and Liver, 2017), le SIBO est associé à :
- malabsorption des glucides et lipides,
- carences micronutritionnelles,
- altération du complexe moteur migrant.
Son diagnostic repose principalement sur les tests respiratoires (glucose/lactulose), dont les limites ont été détaillées dans un article dédié ici.
Prise en charge : médecine allopathique vs micronutrition & phytothérapie
Approche allopathique
Les recommandations médicales actuelles s’appuient sur :
- Antibiotiques ciblés (ex. rifaximine) pour certaines dysbioses du grêle, avec efficacité démontrée mais récidives fréquentes (Pimentel et al., NEJM, 2011).
- Régimes alimentaires thérapeutiques (FODMAPs, exclusion ciblée) validés dans le SII (Halmos et al., Gastroenterology, 2014).
- Utilisation prudente des probiotiques, dont l’efficacité dépend fortement des souches et des indications (Didari et al., World Journal of Gastroenterology, 2015).
Approche micronutritionnelle et phytothérapeutique
La micronutrition vise une restauration fonctionnelle du microbiote plutôt qu’une simple suppression microbienne.
Elle s’appuie sur :
- une alimentation individualisée (qualité des fibres, index glycémique, équilibre protido‑glucidique),
- le soutien de la digestion (enzymes, bile),
- des plantes à activité antimicrobienne documentée (origan, berberine, ail…), étudiées notamment dans le SIBO (Chedid et al., Digestive Diseases and Sciences, 2014),
- la réparation de la barrière intestinale (glutamine, zinc, polyphénols),
- un réensemencement probiotique ciblé.
Cette approche est soutenue par des travaux montrant que la modulation du microbiote via l’alimentation et les micronutriments influence durablement sa composition (Zmora et al., Cell, 2018).
Par ailleurs, une enquête attentive menée vis à vis des origines et déclencheurs de ces troubles, parallèlement à leur prise en charge, est absolument nécessaire pour en venir à bout. Nous sommes la somme de sphères physiologiques interconnectées ; un microbiote perturbé est à la fois le fruit et l’origine de la perturbation d’autres sphères (endocriniennes, immunitaires, troubles des neurotransmetteurs…).
Conclusion
La dysbiose intestinale recouvre des réalités biologiques multiples :
- dysbiose de fermentation,
- dysbiose de putréfaction,
- dysbiose fongique,
- dysbiose du grêle (SIBO) vs colique.
🔎 Les données scientifiques confirment que le microbiote est un acteur fonctionnel majeur de la santé digestive. La prise en charge la plus pertinente repose sur une approche individualisée, intégrant les outils de la médecine conventionnelle et ceux de la micronutrition, dans une logique complémentaire et non opposée.
Article à visée informative et professionnelle. Il ne remplace pas un avis médical.
À propos de l’auteure
Marie Bourland – Diététicienne-Nutritionniste spécialisée en nutrition fonctionnelle et troubles digestifs
J’accompagne les personnes souffrant de SIBO, SII, dysbiose et troubles digestifs chroniques à retrouver un confort durable et un équilibre global, en agissant sur les liens entre intestin, microbiote et cerveau.
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